標題の記述に誤解を招いたようです。

入場時のパスポート提示はこれまでありませんでした。
車内検札時において、確かに乗車中でもウイーンからプラハ、マドリッドからリスボンへ（シュンゲン内ではありましたが）の国境越えの移動中にはパスポート提示を求められました。
ただし、国内の移動中での提示はありませんでした。イタリア国内でも私は数十回を移動しましたが、検札でパスポートの提示を求められたことはないです。（たまたま出くわしてないだけならごめんなさい。）

本題に戻します。氏名確認程度の確認なので、もし提示を求められれば、新しいパスポートを見せれば良いだけです。チケットそのものにパスポート番号まで記入されてはないはずです。
購入時の気にすることはないでしょう。

おそらく「たまたま」だとは思います

私もバルセロナ～ミラノの夜行列車では車掌にパスポートを預けました。
検札で提示を求められたのはいずれもイタリア国内のTRENITALIAですが
毎年訪れていますが
この１～２年はありません。
どんどん簡素化しているのか
あるいは提示を求められた２回が
何か警戒をしているときだったのか
いずれも「たまたま」だとは思います。
おっしゃるように名前のチェックテイドで
番号までは見ていないので
気にするほどではないと思います。
（特に異を唱えるというほどのものではありません。
　失礼しました。）