全体の具体的ルートが見えてこないのですが

それを先に大まかでもお決めにならないと、電車の予約にも航空券の予約にも進めないのではないでしょうか。
日本→ローマ→マルタ→シチリア→イタリア本土に戻る、というルートなのか、
それとも先にイタリアをまわってからマルタに行くのか、どうなさいますか。
マルタとシチリア間は近いので船で移動という手もあります。ただしここで何度も書いていますが、ポッツァッロ経由は（旅慣れた方以外は）使ってはいけません。
しかし、イタリアの北部も中部も南部もシチリアも回るというのなら、１ヶ月は最低必要だと思います。
あ、イタリアのLCCですか。私は乗ったことありません。イタリア人はAir Oneを良く使ってますね。他国のなら、VuelingやVoloteaやEasyjetもよく空港で見かけます。そしてあのライアンも。会社によって重量・サイズ制限が異なるので良くお調べになることです。