回数券・定期券と乗車券は、扱いが違うはず

関東での経験しかありませんが、

回数券や定期券で乗り越し清算の場合
→回数券/定期券の終わる駅～下車駅の運賃を清算

乗車券での乗り越し清算の場合
→乗車駅～下車駅の運賃と乗車券代金の差額を清算

になっていると思います。
都営とメトロと私鉄で、いつもの癖で回数券で改札を入り、出るときに気がついて「回数券使用」を無効にしてもらったことが何回もあります。

自動改札に回数券・乗車券を2枚投入も都営・メトロ・私鉄ではよくやっています。JRではやる機会がなくてわかりません。