どうも、日本の民間機のフライトではなさそうです

> 日付が変わって月曜の真夜中〔午前１時１５分ごろ）

これは、正確な日付でいうと９月１９日の午前１時過ぎということですよね。
９月１９日の飛行コースを調べたところ、SKY084 は東京湾から進入して着陸するという「通常の深夜の飛行コース」でした。
羽田の離発着機でこの時間に都心方面を飛ぶ飛行コースは記録されていません。

ということで、この時間帯に飛ぶ定期便の旅客機はこれしかないけれど、それほど悪天候というわけでもなく違うんじゃないかと思っていましたが、んー、残念。
たぶん、羽田でも成田でもない空港の離発着便の可能性が高いです。
（インチョンや北京等から北米やハワイ方面行きなどの旅客機、横田離陸の各種航空機など、詳しくはわかりませんが）
高度もかなりあったんですよね。

成田出発便ですが、成田で旋回して高度を稼いでから東京上空（この場合はやや南部）を通過することはよくあります。

羽田の滑走路が増えて飛行コースが大幅に変わったんで、我が家の上空（真上近く）を飛ぶ飛行機が少し減った感じで、見渡した空では以前とは全然違う方向に飛ぶ飛行機が増えました。