カンボジアの航空券購入は

LCCなどの格安航空券を除いた普通の航空会社の航空券の場合は、

街中の旅行会社で購入しても、航空会社のオフィス（空港含む）で買っても値段は同じです。
ただし航空会社が旅行会社に下ろす値段は多少安い（20ドル程度）ので、そのマージン以内で値段を下げてくれる旅行会社があるのは事実ですけど。
つまり街中の旅行会社で買っても航空会社で買っても値段は同じか、もしくはマージン以内の割引しかないので大して値段は変わりません。

クレジットカードで払う場合は、街中の旅行会社で買う場合はカード手数料が数％上乗せされるので、航空会社で直接買うほうが安くなることもあります。

今回の航空券が旅行会社で買うほうが安いと思われたのなら、たぶん空港で購入する時に一番安い予約クラスの航空券が売り切れていたと思うのが普通です。
同じ日の同じ便の航空券を旅行会社で買っても、安い予約クラスは売り切れていたと思われます。