大丈夫そうですね

すでに他で回答も得て、大使館へも確認をしているようですので良かったです。
他の国はわかりませんが、スリランカのビザは全ての管理をスリランカ本国で行っているとのこと。
なので、変更など起こった場合、日本の大使館ではどうにもできないそうです。
そういった場合、本国で手続きをするしかないそうです。

で、ついこの間のワタクシの経験談になりますが、
まず、スリランカの空港に着き、飛行機を降りたら流れに沿って出口へ向ってください。
すると、『VISA ON ARRIVAL』という黒地に黄色文字の看板があるカウンターがあります。
そこへ行って、その変更したい旨を伝えてください。
すると、すぐ隣の小部屋へ行き、そこで手続きをしろ。と言われます。
言われた通り、小部屋に入り、デスクに座っている係員の方に
同じことを話し、すると理由を聞かれるので伝えると、PCですぐに変更の手続きをしてくれます。
で、手続きが完了したら、またカウンターへ戻り、ビザの手続きをしました。
なので、慌てることなく、素直に話をすれば簡単に申請は終わると思います。

ワタクシも行く前までは、かなり慌てましたのでお気持ちはわかります。
でも、大丈夫です！

気をつけて楽しんできてください！

あ、ちなみにビザの料金支払いはクレジットカードOKと日本の情報ではなっておりましたが、現金のみの支払いでクレジット不可です。
しかも米ドルのみ。
しかもしかも、値上がりしておりました。
ついこの間、変更になったとのことです。
手書きのマジックで書かれた紙が貼ってありました。
むむむ・・・。
と思いましたが、大人しく従いました。

ではでは、お気をつけて～