RE:

コタキナバルは中心地ですので、お子さんに自然を、ということでしたらある程度の移動が必要かもしれませんね。
特に野生に近いオランウータンを見られる主な場所はコタキナバルからかなり離れたサンダカンあたりです。

という私も、滞在はコタキナバルのみ、でも自然は見たい！という旅でした。

私が行った中で、お子さんと一緒に、かつ英語でも問題なさそうなものを下にあげますので参考になれば幸いです。

オランウータン：
シャングリラ・ラ　ラサリア・リゾートへ
タクシーで40分ほどかかりますが、このリゾートホテルの後ろに自然保護区があり、森林伐採などで孤児になったオランウータンが半野生状態で保護されています。予約要で６５RMでした。電話予約が不安ならメールでも予約できるかもしれません。貧乏人にはとても泊まれないような!?ホテルですが、ホテル内やビーチも自由に歩けたので少しのんびりさせてもらっちゃいました。

リバークルーズ：
ホテルにあったパンフレットから選んで申し込みました。
ホテルまでの送迎付きで、クルーズで何種類かのサルやトカゲなどに遭遇しました。
川沿いでの夕陽を見ながらの夕食込でした。このツアーなら、英語がそんなにできなくても動物がいれば指さしてくれますしコミュニケーションが図りやすいので（笑）いいと思います。　　　　　

トゥンク・アブドゥル・ラーマン公園：
すでにご存じかと思いますが、コタキナバルからボートで数十分で行けてしまう離島を含む国立公園です。
私もツアーではなくボートのみ利用し、サピ島へ行きましたが、きれいで浅瀬で魚がいっぱいいましたし、半日以上そこでゆっくりできました。やはり離島は透明度、美しさがちがいます。
いくつか島がありそれぞれ特徴があるようです。

中心地ではハンディークラフトマーケットがお土産を買うのにお勧めです。
普段使いできそうな淡水パールとかがとても安く買えました。
その左右にある市場は地元の人も多いのでちょっと地元感を味わえます。

どうぞ良いご旅行を！