確認できて良かったですね。

>マレーシア大使館に電話で確認しました。
>大使館の方は入国は大丈夫だと言っていましたが、担当者名は確認しませんでした。したほうがいいでしょうか?

いや、絶対にしたほうが良いというものじゃあないので。
「なんかあいまいな返事だな?後で言った言わないでもめそうかな?」
なんて時は私だったら確認しておきますが。ケースバイケースだと思います。

まあ「何月何日の何時頃電話した」くらいはメモしておいても良いんじゃないですか?万が一のときに「こっちは絶対に確認をしている、間違いない」と言えるように。