自分の場合ですが

日本発の航空券と別切の航空券というので理解できました。

同一の航空会社の同じ日の便の予約があると、顧客名・顧客番号などで相手側にわかってしまうことがあります。
大手旅行社に勤務する友人に注意されたことがあります。

最悪の場合、どちらかの予約または両方の予約が落とされてしまうことがあるそうです。

そのときはＱＶ(ラオス航空)だったと思うのですが、日本発着の航空券が取れていなくて利用日程が固まらなかったのです。
利用しないほうはすぐ取り消しました。

利用していない復路の国際線航空券があれば、国内線のほうの予約が落ちる可能性もあります。
国内線利用のリコンファームと復路の当該国際線は搭乗しないことを伝える必要があると思います。