回答です

一応ルールはあります。カナダへ行かれる目的、アメリカへの入国に使われるビザの種類が???だったので書いただけです。
一般に観光等で入国されるI94Wと呼ばれる飛行機内で入手するカードでビザを兼用する場合のルールは次の通りです。
1　飛行機内で記入してアメリカ入国時イミグレに渡す。半券を受け取る。これが一定期間有効なビザ。アメリカを出国する時、チェックインの時航空会社のデスクで回収する。ただ回収もれがよく発生。
近日中に再度入国予定の人は回収されると困る。初めての人は回収されなくても気づかない。後で未回収の半券が処置に困る。再入国が拒否される等の世間話が????
2アメリカ経由で他国、例えばメキシコに行き、同一ルートで帰国予定の人は、帰国時に返却を忘れなければ万事解決。
3ここで、カナダの場合は問題
アメリカ経由の同一ルートで帰国、別ルートでカルガリーからバンクーバ経由で帰国(周遊ルート)、カナダで長期留学、等で処置が変化
4同一ルートでアメリカ経由で帰国でも、カナダでアメリカ～日本のボディングカード入手可能なチケット所持、アメリカで一旦入国後再度チェックインでボディングカード入手、の差で返却場所は異なることに
成ります。
御利用の航空券の内容が不明の為、以上を知識として知って、チェックインカウンターで確認して下さい。
なお、往路もアメリカでチェクインしてボーディングカードを入手されるのであれば、トランスファーで荷物託送は無理と思います。成田で託送時、荷物タグを確認が必要です。3文字の空港コード控えておかれた方がいいですよ。
出発が近い様なので、ご参考に。
自分で調べた方が、理解は早いのですが。
よい、ご旅行を。