スカイスキャナーを見て比較している時点で駄目だと思います。

＞＞直接航空会社のHPを見た方がいいのでしょうか？

当然、そうです。
LCCで探す場合、直接航空会社のHPで値段を比較するほうが良い場合がほとんどです。

セールで格安便が出ている場合も多いです。
それを探すには、自分で日付や時間で追っていき、労力を使いますが、
効率よく安いものを探せます。
ただし、セールで買ったのに、時期が遅れてさらにお値打ちな便が出てきた場合、
ＬＣＣは変更がきかない場合が多いです、注意して下さい。


直接ＬＣＣと言われている
航空会社のサイトをたどるほうがいいです。

スカイスキャナーを見て比較している時点で駄目だと思いますよ。