疑問？の回答になっているのかどうかわかりませんが・・・

＞事前の預託荷物だけ先に日本に戻ったという事でしょうか？
その男性が、手荷物を委託したかどうかも明らかではありませんが、委託したのであれば荷物が先に日本へ送られていたと思われます。

＞必ず搭乗人と荷物の合わせはしているという事です。
搭乗者数、荷物の個数の確認はされますが、荷物だけ預かり旅客がまだ搭乗していなくても出発することは
いくらでもあります。つまり荷物だけ運ぶこともいくらでもあります。また、旅客が乗っていないからその荷物を降ろす、ということもあります。
では誰が決定するのか？
最終的には機長です。
いつ？
そりゃ今でしょう・・・でなく、旅客用のドアのクローズをクルー、地上係員に指示したときです。

ということで、荷物だけ先ということはいくらでもあることなのです。

余談ですが、相談窓口（旅行業協会、消費者センターなど）などでの対応は、約款およびこれに基づく旅行条件を基にして対応します。今回のようなケースは裁判によるしかないでしょう。
で裁判を起こしたものと思われます。