Re：Re: ？？？

1　>このような事はあるのでしょうか？

一般的にはないと思われますが、あるケースは0ではありません。

2　>詳しくは利用する航空会社に聞いて下さいと言われました。

したがって、掲示板で質問するのではなく、利用する航空会社にお聞きになったらいかがですか。
掲示板の回答が間違っている、というわけではありませんが、回答の限界として、一般論でしか回答はできないからです。
ビザに関するトピ主さんの考え方は間違っているとは思いませんが、では何も心配いらないか、ということに関してはわからないとしか言えません。
いくら考えても(心配しても)詮無きことなのですが、ビサの取得を含め完璧に準備していても入国、滞在を拒否されることはあり得ますし、拒否が予測できるため、航空会社が搭乗を拒否することはあり得ないことではありません。
事前に航空会社から「問題ありません」といわれていても同じです。

話しが進みませんね。(^^;

> パスポートの有効期限も6ヶ月以上あり、復路の航空券も手配して行きます。
> 海外での乗り継ぎは初めてですし、このような方法で入国拒否等をされないか不安です。

　まず、単純乗り継ぎではなく「韓国乗り継ぎのフィリピン往復の航空券か何かで、往路に韓国でストップオーバー」という航空券をお持ちということなのですかね？
　で。

> 本日旅行代理店に相談してみた所、利用する航空券会社によっては私が考えている方法(韓国に滞在の後にセブへ出国)だと、航空会社によって飛行機に搭乗や入出国出来ない場合があると言われ、詳しくは利用する航空会社に聞いて下さいと言われました。

　ということですが、この旅行代理店は航空券を購入されたのとは異なるお店ということなのでしょうか？
　同じでしたら顧客の旅程（少なくとも全利用便の日時）を知っていて手配するのですから『利用する航空券会社によっては私が考えている方法だと・・・』とはならないはずで。。。
　もしかして航空券は航空会社のWebサイトで買われたとか？　しかも往路と復路を別々に買ったとか？？
　購入されたお店に質問されたのでしたら、書かれているようなご自身が理解できない返事や曖昧な内容の返事で済ませるのはよくないと思います。

　日本でフィリピンのツーリストビザ(ビザ無しだと21日間だったかまででしたよね？)を取得され、Special Study Permitもお持ちで、(直行・経由に関わらず滞在8週間後の)日本への帰りの航空券も購入済みで、パスポートの残存期間は6ヶ月以上あって、、、ということなら何も問題は無いのでは？

　先にも書きましたが具体的に何を心配しているかです。
　“何を”の前提はフィリピンの入国の決まりとそれに対するご自身の準備状況です。
　入国準備に関しては「フィリピンの入国の決まりに関する理解に漏れが無いか」と「誤解が無いか」でしょう。
　航空会社はチェックインカウンターにやって来た搭乗予定者が「これでは到着地で入国できない」と判断した際に搭乗を断ることがあります。その「これでは」の基準は到着地（フィリピン）の入国の決まりです。
　それは当初から理解されていますよね？
　でしたらそこを基準に話しをしないと。。。

フィリピンのビザは取っていますか？

心配なのは　韓国からフィリピンに向かう時　搭乗受付の時　フィリピンのビサなし（観光ビサ、教育ビサなど）がない場合　航空会社が　もし　入国拒否をされる可能性があるので搭乗拒否を
される事があります。
　単純な　経由であれば　良いのですが。　あくまでも航空会社の判断なので、この場でこうだ、
あーだと言ってもしかたがありません。

　韓国へは　ビサなし入国で構いませんが。　フィリピンの観光ビサを出発前に取られることをお勧めします。（教育ビサが取れているとさらにいいですね）