アドバイスありがとうございます！

たくさんの参考URLをありがとうございます。

お陰様でルートの構想がもっと具体的にできそうです。
他の方の旅行記などを見て、陸路ルートが良さそうだなと思ったので、クスコからプーノ、ラパスへ陸路で行く気になってきました。
チチカカ湖はルート構想上外れていたんですが、陸路なら通れますね。

クスコ周辺での高山病は結構心配しています。
一応高山病用の薬があるらしいので、日本で処方してもらって持っていくつもりですが、それでも寝込む日なんかがあるかもしれないと、緩めのスケジュールにしてみました。

それだと万一マチュピチュ行きが混雑していても、どこかで確保できるかなと。
とりあえず出発までに、もう少し情報を仕入れて先行手配して行くかどうかを決めようと思います。

ウユニのツアーはまだいくつかの旅行記などで流し読みした程度で、どんなプランがあるかまで調べていませんでしたが、チリ解散のツアーがあるのでしたら好都合なので、是非それを検討したいですね。

宿は現地で部屋を見せてもらって決める感じにしたいと思っていますが、ある程度目星をつけて行った方がよさそうですね。
旅スケなどを参考にさせてもらって、各地の良さそうな宿をメモって行こうと思います。
心配なのは、当日飛び込みでチェックインが可能か、また受け付けは何時頃までなのかということです。
夜遅くに着いて宿が確保できないなんて事になったら恐ろしいので。（心配しすぎですかね？

一応女子なので、鍵がちゃんとしまるとか、トイレ、シャワーがあるかは最低チェックしたいポイントですね。
あとはぼろくても眠れさえすればいいという感じです。
割と図太くてポジティブなタイプなので、細かいことは心配していないんですが、今までの旅行はほとんど全部ツアーで、個人手配で行ったのはオーストラリアだけです。
結構用心深いので、物を盗まれたり、なくしたりしたことはないです。
ただ、あくまでツアーだったため自分で現地の人と交渉したりすることがなかったので、現場交渉やとっさの時の的確な対応力に一抹の不安を感じます（笑
最低限、知っておくべきスペイン語は勉強して行こうと思ってます。

とりあえず、外せない行き先の他は、現地で行き当たりばったりでもいい気がしてきました。
初心者には危険かもしれませんが・・・。