私見ですが

結局のところ、自分が行きたい場所へ
自分で予定を組むのが一番なので
この計画でも不可能ではないでしょう。

ただ、私見では時間の使い方に無駄が多くて
もったいないな～。と思いました。

・宿泊費　25000円
物価の高いアルゼンチンで1泊1,000円で収めるには
ドミトリー宿に宿泊する必要がある。
ブエノスアイレスでは上野山荘や日本旅館が無難。

・ツアー代（イグアス）50000円
ブエノスアイレス発着の現地ツアーがあるのか
私は知らないですが、この値段は高すぎでは？
片道はバス（10,000円以下）、
片道は空路（アルゼンチン航空で17,000円程度）、
現地での宿泊費、食費、移動費、入場料は
10,000円程度で収まるでしょう。
（ただし、ドミトリー宿泊が条件）

・食費(34日分×３食×700円)
物価の高いチリ、アルゼンチンで外食すると
1食700円くらい掛かるかもしれないですね。
もっと掛かるかも。（私は自炊だったので外食代金は不明。）
ペルー、ボリビアで安く抑えたいなら
庶民的な食堂で1食300円もあれば十分。
ただし、衛星条件は日本よりだいぶ劣る。

・第一弾のスケジュール
・２．の星空を見るはアルマ望遠鏡のことなら無理では？
・４．そんなにスムーズに移動出来ないのでは？
・リマ⇒クスコは飛行機代が安く１時間程度で行けるので、
飛行機の方が良いのでは？
・マチュピチュ日帰りは可能だが、かなりのハードスケジュール。
せっかくのマチュピチュなので１泊した方が良いのでは？
・ウユニとサンペドロ・デ・アタカマの両方へ行くなら
２泊３日ツアーを利用する日程を組む方が良いかなと。
２泊３日ツアー自体がアンデス山脈の美しさを満喫できる。

私なら以下のようなルートにします。
１．サンティアゴ⇒アリカ（SkyAirline、23,000円）
２．アリカ⇒アレキパ（コレクティーボ＋バス、2,000円）
３．アレキパ⇒リマ（バス、5,000円）
４．リマ
５．リマ⇒クスコ（Star Peru航空、9,000円程度、1時間ちょっと）
６．クスコ
７．クスコ⇒マチュピチュ
８．マチュピチュ⇒クスコ
９．クスコ⇒ラパス（バス、4,000円）
１０．ラパス
１１．ラパス⇒翌日ウユニ着（深夜バス、？円）
１２．ウユニ
１３．ウユニ⇒アタカマ（２泊３日ツアー）
１４．ウユニ⇒アタカマ（２泊３日ツアー）
１５．ウユニ⇒アタカマ（２泊３日ツアー）
１６．アタカマ
１７．アタカマ⇒翌サンティアゴ着（バス）
１８．サンティアゴ着

サンティアゴからチリ北部はとても時間が掛かるので
この部分は飛行機利用が望ましい。
長期旅行者はバスを利用するが、niggの場合は
時間も少ないので。

・第二弾
２．と９．の部分は誤り。
１．の午後３～４時発なら２．の昼頃に着。
1. サンティアゴ→ブエノスアイレス（約２０時間、車中泊）
2. ブエノス着
3. ブエノスアイレス観光？
4. ブエノスアイレス観光
5. イグアスツアー
6. イグアスツアー
7. イグアスツアー
8. ブエノスアイレス発
9. サンティアゴ着
10. サンティアゴ

他、注意点として、
・高山病対策（日本か現地でダイアモックス購入を
検討した方が良い。）
・アルゼンチンは闇両替が普通なので
必要と思われるアメリカドルの現金は持っていく。

長々と書いたので気を悪くするかもしれませんが、
親切で書いたつもりです。

ただ、始めにも書きましたが、自分で決めた方が
失敗しても納得いくでしょうし、
niggさんの計画も良いかもしれませんね。

Buen viahe!