わかる範囲で。

リマ→イカ→ナスカ→クスコは今年4月に行きました。その前にもペルーは何度か行っており、他のバスも利用しています。クルスデルスールは私からすると特等、Floresは一等です。当然、Floresでもトイレはあります。違いは、食事の有無と質(時間による)、トイレの清潔さ、セキュリティ対策のレベル、椅子に足置きや毛布がついてるか、等々。トイレについて言うと、クルス・・は1Fにも2Fにもトイレがあり、利用人数が違う＋サービス担当が途中で清掃・備品補給する、といった理由から、旅の後半でも綺麗で紙もあり、女性でも安心して利用できます。当然その分高く、ルートにより4倍くらいすることも。ただし、国内路線・Web販売ではよくキャンペーンをしており、変更不可チケットが正規料金の1/3以下で売られていることもあります。出発時間にターミナルにいけそうな時はよく利用してます。なので、飛行機の便が遅れないことにかけて、クルスのキャンペーンを狙うのもありかも。

①リマからナスカへの、Floresバス夜行便はトイレありますか。おおよその代金は。乗り場は町のどの辺りですか。タクシー利用の資金があまり無いため、ローカルバス乗り継ぎ考えています。バスで町まで出てからタクシー利用可能ですか。
トイレあります。全カウンターではないものの、クレジットカード払いもできます。ちなみに席を選ぶときにはPC画面を見せてくれるて、番号で言っても指定する人の方が多いです。指差し指定でもまったく問題なし。言語の心配はあまりないかと。料金は25ソルくらい(最終便は少し高い)。乗り場はセントロ、地球の歩き方にも掲載されてる長距離バス発着所から100mくらいのところ。
コレクティーボの場合、一回乗換えが必要です(ちなみにクルスのハビエルプラドに行くにも一回乗換えが必要です)。なお、コレクティーボではなくバスでも同じ。バスでは荷物代を取られないことが多く、かつ、運賃も安いです(1ソル程度の違いですが)。

②ナスカからクスコ移動は、全てリマ経由になるんですね。直通便があるとおもっていました。
いえ、リマ→ナスカ→クスコです。誤解させてすみません。ナスカ発ではないので、30分程度の遅延は当たり前みたいです。

③クスコのコレクティーボ乗り場、歩き方を見たのですが、まだ見つからず。アルマス広場から遠いですか？
5分程度。家の軒先スペースで柱にオリョイタイタンボとかウルバンバと書いてありハイエースみたいなのが1台停まってて、呼び込みの男性が2-3人いるって感じのところなので、わかりやすいとはいえません。「コレクティーボ」「オリョイタイタンボ」ってその辺の人に聞いたら、「あっち」って指差してくれます。

④アルゼンチン側はブエルトですね。勘違いしていました。大きなミスにつながるまえに指摘して頂き感謝しています。ウユニからイグアス、チリからの移動が最短なんですね。バス、鉄道利用でその他の移動手段をご存知でしたらおしえてもらえますか。ウユニからイグアスアルゼンチンルートが漠然としている状態で焦っています。
陸路の最短はパラグアイ経由のルートですが、パラグアイ国境付近のボリビア側道路状況によって何日か足止め食った話は枚挙にいとまなく、ブラジル経由する賭けもあるのでお勧めしません。
チリ経由の移動は、アカタマを楽しめる楽しいルートですが、最短ではありません。カラマ→サンチャゴ→ブエノスアイレス→プエルトイグアスを片道で飛ぶのはそれなりにお金がかかります(昨年9-10月に逆方向でやりましたが。。。)。
現実的な線では、ウユニ→サルタ→プエルトイグアスですが、ウユニ→ビジャソンが8時間(ウユニツアー後20時のバスに乗る場合は国境が空く6時まで＋2時間待つ必要があります)、ラキアカ→サルタが7.5時間、サルタ→コンセプション→プエルトイグアスが10時間、と移動時間だけで24時間以上かかります。ウユニ→サルタは昨年10月に利用しました。世界遺産ウワマカ渓谷の景色を楽しむことをプラスで考えるならいいルートですよ。

⑤一人旅ですので、安全と体調が第一。高山病のことも再度勉強します。皆さんは、高山病の症状出ましたか？ 出発前に予防対策されましたか？
薬を使わないと出ることもあります。心配ならリマ空港の2階ゲート前の薬局にソロチェピルが売ってますし、街中にも薬局は多いので、買っておいたほうがいいかも。

⑥マチュピチュ、蚊が多いですか。
4月時点では、いましたが多いとは思いませんでした。

長文にて失礼。よい旅を！