乗り換えが1回は必要かと

リュックで旅されるということは、あなたのほうがスーツケース持参が多い回答者より旅の上達者のようですね。

九分での時間が余りないので、直行したいのでしょう。

夕景と夜景が最大の魅力ですから。
そんなに大きなリュックでなければ、背負いながらの散策も可能です。
おおきければ、土産店などに頼んで預かってもらうといいです。
私も花蓮方面からの帰りに九分に寄ったので大きなリュックが。
土産を買って夕景～夜景の間だけ預かってもらいました。

台北駅にバスで出て、列車で瑞芳に行くのが速いかと思います。その後バスで。または台北から直接バスで。
いずれにしろ1回は乗り換えが必要かと。

台北市内から巴士も列車が出るので、直接と言う意味では存在しない

ですから、桃園機場から臺北市内に公共交通を
使い行き、それから、さらに、巴士か列車に
乗り換えるだけなので、宿に荷物をいくほうが断然
楽です。ロスタイムは一時間程度だし、宿を
台北站か復興忠孝近くにすれば良いだけの話。

リュックでも街歩き用の都会に馴染むもので、
長時間担いでいても苦にならないものなら
そのまま持って行っても構わないが、『これから
山登りですか？？』程度なら、やはり桎梏、足枷、重石でしか
ありません。

宿に荷物を置くべきだと思います。
鉄道利用のさいには、瑞芳からの巴士が混みます。それが邪魔になるのと、
たったさいにはかなり苦しむと思いますし、何より行動力が
削がれます。それほど感動するところでもないので、後悔だけが
残る可能性もなきにしもあらず。