代理店にこだわらず・・・

すでにbach24さんやシャープ&フラットさんがお書きですが、航空会社直の時代ですよ。

すでに調査されたのなら即Ait Franceで注文されればよいのではないでしょうか?

>もしかして、現在は自分は日本にいるので、それが関係しているのでしょうか?メールで理由をきいてみようかと思います。

どういう解答が帰ってくるか興味深いですが、住んでいる場所は関係なく、日本の会社で買うから手数料が必要・・と言う事でしょう。

航空会社のHP(US内のサイト。日本語サイトも同じと思います)で購入すれば良いのです。日本からアクセスできますよ。
チケットはE-チケットなのでメールとWebサイトに接続および印刷できれば、どこに住んでいようと関係ありません。