国際航空運賃の専門家ではありませんので

厳密に確認しているわけではありません。
あくまでも小生の理解の範囲内のことなのですが、

>NGO→NRTは国内線ですが　航空券によっては（通し航空券）国内線でも国際線扱いになることがあるのですね
運航上の扱いでなく、運賃上の扱いについての話です。
約款で、最初の国際区間を利用しない場合、その航空券は無効になると決めている最初の国際区間とNGO→NRTであろうとする理由は、その航空券の運賃を算出する起点となるのが名古屋になるであろうからであるからです。NRT/LAXの往復航空券の値段に、NGO/NRTの値段を足したものであれば、最初の国際区間はNRT/LAXになるのですが、提示されている航空券はそういう風に運賃計算がなされているものではないと思われます。ということで先の回答をした次第です。
旅行会社が「NGO/NRTが取れなかったら別途自力で成田まで行けばよい」といっていることには疑問があります。別切りであればその通りなのですが、NGO…発着の航空券の場合、NGO/NRTについては状況がHKでなくWT/RQのまま発券されることになり結果約款上の別の規定で無効になってしまうからです。
旅行会社が、航空会社の運用方について確認したうえでの話ならばよいのですが、おそらく知らなかった、または何も確認していないと思われますので、非常に危険なことかと思われます。

なお復路のNRT/NGOを放棄することについては、別段禁止規定はありません。乗らないことでその航空券を無駄にする覚悟であれば、法律上も契約上もまた道義上も何の問題点を生じません。

>通し航空券は順番通りに使わないと以後無効になることは知っています（割引航空券の場合）

順番通りにしか使えない、というのはすべての航空券（割引航空券の場合だけの規定ではないということです。）
に共通して定められている規定です。
また、以後無効になるわけではありません。第１区間、第２区間、第3区間、第4区間、の順になっている航空券で
第１区間の後に第3区間を使ったら、第２区間は未使用であってももう使えないという意味です。第４区間については利用することができます。第２区間を利用しなかったら以降の第３区間第4区間が利用できなくなると誤解している人がいるようですが、そんなことはありません。但し第２区間を使わないことを航空会社に伝えておかないと第３区間、第４区間の予約が取り消されることがある。というきまりになっているのです。