横レス失礼します。

最強かどうか分かりませんが、私のオススメはパウエルーハイド線。
このコースだと始発（ユニオンスクエア）から終点に行く途中に、
世界で一番曲がりくねった道『ロンバートストリート』が観れます。
観光客が多いし車も沢山曲がりくねった坂道を下ってるのですぐに分かると思います。

ここに徒歩で向かうにはしんどいと思いますのでケーブルカーで行かれると良いかと思います。

私が乗ったのは・・・

宿泊していたダウンタウンの近くにある始発駅からフィッシャーマンズワーフ（終点？）までを往復しました。

>どちらの線のどこの区間が最強！というのがあれば、教えていただけないでしょうか？

こちらは現地にお住まいのtukishimaさんにお願いするとして・・・始発では車両の方向転換もあるので、並んでいる間も楽しめました。

>アルカトラズ島へ行く時には、ケーブルカーとバスで行けないかしら…？
>（まだ、市内の移動については詳しくなくて・・・、これから調べます！）

アルカトラス島はフィッシャーマンズワーフから見えていますが、フェリー乗り場が近くであればいいですね。