追記

なお、WebCheckInしておくと、CHECK-INの長い行列ではなく、WebCheckIN済の荷物預けカウンターに簡単に行けるのが通常です。係員にどこに並ぶか聞きましょう。

座席指定が先に出来ても、WebCheckInとは別です。座席指定が完了していてもWebCheckInして搭乗券を出力できるわけです。
WebCheckINができれば、通常は座席指定して更に搭乗券も出力できます。
蛇足だったかな。