今回の旅程なら

前トピも見てみました。
パスはその国のハイライトを周遊する場合に普通にきっぷを買うよりも得な料金設定になっている（オーストリアの場合はウイーン～地方一周～ウイーン）ので、リエンツまでと、ツエルアムゼーウイーンまたはリンツ経由チェコ国境までだと、普通にきっぷを買ったほうが安上がりかも。もっとも普通のきっぷの合計より、パスのほうが割高でも、雨などで自由に旅程を変えらえるパスの利便性を優先する方もいますが。

プラハへはリンツ乗り換えのチェスキークルムロフ経由で

日本にやってくる外国人個人客が皆といっていいくらい利用しているのが新幹線、特急（期間内は指定席も無料で何回でも利用可）に乗り放題のジャパンレイルパスということはご存じだと思いますが、激安のこのパスは日本人は使えません。
日本の敵は欧州で討つ　で欧州28ヵ国に乗り放題のグローバルバルパス利用が一番ですが、最短が15日用なので、1週間～10日程度の短期の旅にはもったいないです。
1週間前後なら1国だけのパス（ユーレイル・オーストリアパスなど）が最適かと。
ジャパンレイルパスと比べて、予約料が別料金なのがちょっとしゃくに触りますが、幸いオーストリアは独、スイス、ベネルクス3国、チェコ、デンマーク、フィンランドと並んで、高速列車や特急にも予約なしでも乗れるのが嬉しいです。
ただ、１００％座れる保証はないので、数区間なら予約するのもいいかと。1回300～500円ほどなので。
もっとも予約できるの高速列車と在来線特急、寝台列車のみで、快速、普通列車のような列車は予約できません。

旅ではいろんなミス・失敗、体調の悪化、事故、ストなどハプニングがつきもので旅程通りに行きません。自然の可観光地では雨ではどうしようもありません。翌日の予定の雨でも可の都市観光と入れ替えるなのど臨機応変の旅程変更が必要です。
例えば、グリンデルワルトに夕方入り、翌朝起きたら雨なら下山してベルン日帰りを。このときスイストラベルパスの連続使用タイプなら交通費は実質タダで済みます。オーストリアはフレキシータイプしかありませんが、独、スイス、英国など連続タイプのパスもある国では1日当たりの料金がフレキシーパスより安い連続タイプを選ぶといいです。
ジャパンレイルパスが激安なのも連続タイプ（フレキシーはJRでは青春18きっぷだけ）だからです。

旅程は押せ押せになりがちで安いというだけで早割にしてしまうと、その列車には乗れず、あらたに高い普通のきっぷを買うことになり2重払いに。
それはもったいないと、泣き泣き予定の早割列車に乗ると、肝心の見たかった場所が見れないことに。
ですから、列車を固定しまうことは「安物の買いの銭うしない」で最も下手な旅行法だと思います。
私は往復の航空券とともに旅では最も重要なことである、自由に旅程を変更できる鉄道パスは必要経費だと思っています。

ツエルアムゼー→ザルツブルク（のりかえ）→ウイーンはもちろんパスで乗れます。
ただ、プラハに行くなら、ウイーンまで行かずにリンツ乗り換えで行くほうが三角形の１辺ですから近いですよ。
その途中にチェスキークルムロフ（ブジヨビツェ経由）もありますし。

ですから、どの国に行っても、ジャパンレイルパスに相当するその国の列車乗り放題パスを利用するのが最適だと思います。