２泊３日は乗りっぱなしですが、あまり機会はないかと

乗りっぱなしですよ。
夕方か夜発だったと思ったので、3日目朝着いたとしても2泊3日になりましたが、朝出発なら2日目夕方か夜に着けるかも。現在の所要時間は知りません。チェックを。

実はその前に北米一周バスの旅をしたことがあって、バス会社の荷物紛失の際、シカゴに送っておくからという言葉を信じ、未着のため、モンタナ州からシカゴまで2泊3日のバス旅を一往復半したことがあったので、2泊3日は普通の感覚でした。
基本は夜行、YH1泊の繰り返しでしたから、１晩なら安眠できても、2泊夜行が続くと少しきつかったです。

若くても夜行は疲れるのでなるべく避けたほうがいいかと。

中米ではコスタリカ、南米はチリが「比較的」ですが、治安がいい感じがしました。

もっと最近に中南米縦断した方。そうでなくても中南米に詳しい方からのレスがあるといいのですが。
私は欧州や東アジア、オセアニアが専門なので、中南米は一応ほとんどの国に行ったというだけで、それほど詳しくありません。
常連でも中南米縦断した方は少ないと思うので、経験者として基本的なことだけお話しました。
スペイン語(とポルトガル語)しか通じないことが多いと思うので、スペイン語は行くまで可能な限り覚えたほうがいいかと。